Thủ tướng Chính phủ ban hành Nghị định quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức Bộ Y tế.

Nhìn chung, những quy định về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Bộ Y tế trong Nghị định 63/2012/NĐ-CP không có nhiều thay đổi so với Nghị định số 188/2007/NĐ-CP ngày 27/12/2007 về quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức Bộ Y tế và Nghị định số 22/2010/NĐ-CP ngày 9/3/2010 về sửa đổi bổ sung Điều 3 của Nghị định số 188/2007/NĐ-CP.

Nghị định 63/2012/NĐ-CP quy định cơ cấu tổ chức của Bộ Y tế gồm 24 đơn vị trực thuộc, trong đó có 20 đơn vị hành chính giúp Bộ trưởng Bộ Y tế thực hiện chức năng quản lý nhà nước và 4 đơn vị sự nghiệp phục vụ chức năng quản lý nhà nước của Bộ Y tế.

Về cơ cấu tổ chức Bộ Y tế, có một số thay đổi trong Nghị định số 63/2012/NĐ-CP so với Nghị định số 22/2010/NĐ-CP ngày 9/3/2010 là chuyển đổi Vụ Khoa học và Đào tạo thành Cục Khoa học công nghệ và Đào tạo; chuyển đổi Vụ Y Dược cổ truyền thành Cục Quản lý Y, Dược cổ truyền; Cục An toàn Vệ sinh thực phẩm đổi tên thành Cục An toàn thực phẩm; 2 đơn vị mới được phê duyệt thành lập là: Vụ Truyền thông và Thi đua, khen thưởng và Cục Công nghệ thông tin. Cơ cấu tổ chức Bộ Y tế quy định trong Nghị định số 63/2012/NĐ-CP  không có Cơ quan đại diện Bộ Y tế tại thành phố Hồ Chí Minh.

Nghị định số 63/2012/NĐ-CP nêu rõ, Bộ Y tế là cơ quan của Chính phủ, thực hiện chức năng quản lý nhà nước về y tế, bao gồm các lĩnh vực: Y tế dự phòng; khám bệnh, chữa bệnh, phục hồi chức năng; giám định y khoa, pháp y, pháp y tâm thần; y dược cổ truyền; sức khỏe sinh sản; trang thiết bị y tế; dược; mỹ phẩm; an toàn thực phẩm; bảo hiểm y tế; dân số - kế hoạch hóa gia đình; quản lý nhà nước các dịch vụ công trong lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý nhà nước của Bộ. Đồng thời, Nghị định cũng quy định rõ 29 nhiệm vụ, quyền hạn cụ thể của Bộ Y tế.