Hệ thống giám sát bệnh truyền nhiễm gây dịch của Việt Nam đã được thiết lập và hoạt động đều đặn từ năm 2010 theo quyết định số 48/2010/QĐ-BYT của Bộ trưởng Bộ Y tế.

Hệ thống này hoạt động thường xuyên, thống nhất trên toàn quốc, theo cả 4 tuyến của cả hệ dự phòng và hệ điều trị. Hệ thống này phổ cập trên diện rộng, đòi hỏi đầu tư nguồn lực khá lớn để thực hiện các hoạt động phát hiện, báo cáo tất cả các bệnh truyền nhiễm xảy ra tại cộng đồng và điều trị tại bệnh viện, đặc biệt là 28 bệnh truyền nhiễm gây dịch có ảnh hưởng lớn đến sức khỏe cộng đồng và kinh tế xã hội của đất nước. Hiện nay, do nguồn lực còn hạn chế nên thu thập thông tin giám sát và cảnh báo còn chưa đầy đủ và chưa thực sự đặc hiệu để phân tích và phát hiện sớm cũng như dự báo xu hướng, diễn biến của các dịch bệnh nhằm khống chế kịp thời.

Để đáp ứng nhiệm vụ kiểm soát dịch bệnh truyền nhiễm trong tình hình bệnh dịch tương đối phức tạp với nguồn lực có hạn, Bộ trưởng Bộ Y tế đã ban hành Kế hoạch giám sát trọng điểm một số bệnh truyền nhiễm gây dịch tại Việt Nam năm 2012 theo quyết định số 3032/QĐ-BYT ngày 27/8/2012. Đây là giải pháp mang tính chủ động, dành nguồn lực có hạn cho trọng điểm, tập trung vào một số bệnh gây dịch mới nổi. Kế hoạch nhằm mục tiêu phát hiện sớm các trường hợp mắc và tử vong do bệnh tả, bệnh tay chân miệng và cúm, xác định véc tơ truyền bệnh, nhận định và dự báo chính xác tình hình dịch, triển khai kịp thời các biện pháp chống dịch và khống chế dịch bùng phát. Kế hoạch được xây dựng chi tiết cho từng bệnh với quy trình cụ thể, chỉ rõ các điểm giám sát trọng điểm ở cả 4 khu vực trên cả nước (miền Bắc, miền Trung, Tây Nguyên và miền Nam) tại cả các bệnh viện trung ương, bệnh viện tỉnh, bệnh viện huyện và trạm y tế xã. Đối tượng giám sát bao gồm người (người nghi bị bệnh, người bệnh, người lành mang trùng), môi trường ngoại cảnh tại cộng đồng và lấy mẫu bệnh phẩm đối với các yếu tố nghi ngờ. Kế hoạch nêu rõ cách tổ chức thực hiện và trách nhiệm của từng đơn vị, yêu cầu thực hiện thông tin, báo cáo để việc giám sát thực sự thông suốt thông tin trong hệ thống, kịp thời đáp ứng chống dịch.

Ngày 29/8/2012 Cục y tế dự phòng đã tổ chức Hội nghị triển khai kế hoạch tại Hà Nội. Lãnh đạo các viện Vệ sinh dịch tễ, các viện Pasteur, các sở y tế và các trung tâm y tế dự phòng tỉnh/thành phố đã về dự, tiếp thu hướng dẫn triển khai kế hoạch và thảo luận giải quyết những vướng mắc, khó khăn có thể gặp khi thực hiện tại địa phương.